So können sekundäre Pflanzenstoffe wahrscheinlich das Risiko für kardiovaskuläre Erkrankungen reduzieren und vor bestimmen Krebsarten schützen. Ein hohes Schutzpotenzial wird unter anderem Polyphenolen in Äpfeln und Glucosinolaten in Kohlgemüse oder Sulfiden in Knoblauch und Zwiebeln zugeschrieben. Auf der Haut können bestimmte sekundäre Pflanzenstoffe vor UV-Strahlung schützen. Gute Effekte können zum Beispiel die in rotem und gelbem Gemüse und Obst enthaltenen Carotinoide, wie das Lycopin der Tomate, erzielen.
Der Pflanze dienen diese Stoffe zum Beispiel dem Schutz vor UV-Licht, Sauerstoffradikalen oder Schädlingen. Bisher sind über 10.000 bekannt, die sich in unterschiedliche chemische Gruppen zusammenfassen lassen. Dazu gehören Carotinoide, Phenolsäuren, Flavonoide, Sulfide oder Phytosterine.
Sekundäre Pflanzenstoffe kommen in allen pflanzlichen Lebensmitteln vor, zum Beispiel auch in Vollkornbrot, Hülsenfrüchten und Nüssen. Die Stoffe konzentrieren sich meist in der Schale oder den äußeren Blättern. Werden diese entfernt (z.B. durch Schälen von Äpfeln), geht ein Teil davon verloren.
Durch die Vielzahl der Substanzen sind Empfehlungen für die tägliche Aufnahme wenig hilfreich. Die protektiven Effekte sind möglicherweise am größten, wenn ein breites Spektrum an sekundären Pflanzenstoffen aufgenommen wird, also wenn viele verschiedene pflanzliche Lebensmittel konsumiert werden. Gesundheitsfördernde Effekte sekundärer Pflanzenstoffe aus Obst und Gemüse lassen sich nicht durch Pillen, Kapseln oder Pulver isolierter sekundärer Pflanzenstoffe ersetzen.
Die Bioverfügbarkeit der verschiedenen sekundären Pflanzenstoffe variiert stark und ist unter anderem von der chemischen Bindungsform der sekundären Pflanzenstoffe abhängig. Beispielsweise sind zahlreiche Flavonoide mit einem Zuckermolekül gekoppelt. Außerdem wird die Bioverfügbarkeit durch die Zubereitung beeinflusst: Carotinoide sind nur in Begleitung von Fett gut bioverfügbar. Wird Kohlgemüse gekocht oder in der Mikrowelle erhitzt, können Glucosinolate ihre Wirkung nicht mehr in vollem Umfang entfalten.
Sekundäre Pflanzenstoffe werden sowohl im Dünn- und Dickdarm als auch in der Leber verstoffwechselt, was von Mensch zu Mensch unterschiedlich sein kann.