Ein bekannter Bewohner des Archipels ist der Galapagospinguin. Er hat ein dunkles Rücken- und ein weißes Bauchgefieder und mehrere dunkle Flecken auf dem ganzen Körper verteilt. Bis heute weiß man nicht, wie die Pinguine den weiten Weg von der etwa 8.000 km entfernten Antarktis bis zu den Galapagosinseln überwunden haben.
Pinguine schwimmen gerne weit ins Meer hinaus. Daher geht man davon aus, dass einige von ihnen versehentlich zu weit hinaus geschwommen und dann in den Humboldtstrom geraten sind. Dieser hat sie dann Richtung Norden, an Südamerika vorbei, bis zu den Inseln getrieben. Dort mussten sie sich dann sehr stark an ihren neuen Lebensraum anpassen, denn die Lebensbedingungen sind kaum vergleichbar mit denen der Antarktis. Die Pinguine wurden mit der Zeit immer kleiner und sind mittlerweile mit ihren 50cm nur noch halb so groß wie die verwandten Kaiserpinguine. Dies ist ein selektiver Vorteil, da kleine Tiere schneller überschüssige Wärme abgeben können als große Individuen. Sie haben sich nicht nur körperlich an die neuen Lebensumstände angepasst, sondern auch ihr Verhalten verändert. Die Tiere müssen ihre nackten Füße stets vor der Sonne verstecken damit sie keinen Sonnenbrand bekommen und buddeln sie daher gerne in den Sand ein. Die Pinguine haben sich eher in den westlichen Teilen der 
Inseln angesiedelt, da die umliegenden Gewässer dort kühler sind.
Die Galapagospinguine gehören zu der Art der Brillenpinguine. Heute gibt es von ihnen nur noch 2.000 Exemplare und sie zählen damit zu den vom Aussterben bedrohten Tieren.
Die Galapagospinguine sind sehr neugierig. Wenn man Glück hat, kann man sogar zusammen mit ihnen schwimmen.
