Viele Medikamente, die im zentralen Nervensystem wirken, vertragen sich nicht mit Alkohol. Dazu gehören Schlaf- und Beruhigungsmittel sowie viele Arzneimittel gegen Depressionen, Parkinson oder Epilepsie. Werden sie dennoch mit Alkohol kombiniert, sind die Auswirkungen nur schwer vorhersehbar. Alkohol kann die Wirkung der Medikamente verändern oder die Nebenwirkungen verstärken. Wer abends ein Schlafmittel mit einem doppelten Wodka herunterspült, ist am nächsten Morgen immer noch sehr müde und darf sich nicht ans Steuer setzen. Auch einige Medikamente aus der Selbstmedikation vertragen sich nicht mit Alkohol. Verschiedene Arzneimittel gegen Allergien sollten zum Beispiel nicht mit Alkohol kombiniert werden, weil dies die Fahrtauglichkeit einschränken kann.
Medikamente können auch zu einer Alkohol-Unverträglichkeit führen. Alkohol wird normalerweise in der Leber über die Zwischenstufe Acetaldehyd abgebaut. Einige Arzneimittel hemmen dessen weiteren Abbau. Reichert sich Acetaldehyd im Körper an, treten unter anderem Erbrechen, Atemnot oder Herzrasen auf. Patienten, die bestimmte Antibiotika oder Medikamente gegen Pilzinfektionen einnehmen, vertragen deshalb auch kleine Mengen Alkohol schlecht. Der Apotheker informiert gerne darüber, ob diese Wechselwirkung für den individuellen Patienten relevant ist.