Bei sorgfältig gepflegten und überprüften Aquarien sind die Verluste durch Vergiftung im Allgemeinen nur sehr gering, da die Fischhalter ihre ganze Aufmerksamkeit darauf richten, welche Stoffe dem Wasser beigemengt werden. Vor Metallteilen sollte man sich allerdings hüten, denn bei Kontakt mit dem Wasser können sie Salze bilden, die wiederum eine sehr toxische Wirkung auf die Fische haben können.
Gefährlich für Aquarien sind vor allem Eisen- und Zinksalze, denn schließlich werden viele Gestelle aus Eisen und Zink hergestellt. Die Eisensalze bilden schnell bräunliche Klumpen, die gut sichtbar sind und schnell von den Haltern entfernt werden können. Problematischer hingegen sind Zinksalze, denn diese sind aufgrund ihrer Farblosigkeit schwerer zu erkennen, und nur wenige hundertstel Gramm können sich in einem Liter Aquariumswasser bereits tödlich auswirken. Daher sollten Metallbestandteile mithilfe eines speziellen Anstrichmittels vom Wasser isoliert werden.
Eine gute Methode, um giftige Stoffe aus einem Aquarium zu entsorgen, ist das Füllen mit Wasser, bevor irgendwelche Fische hineinkommen. Im Laufe der Tage lösen sich dann die giftigsten Stoffe vorab, und man braucht das Wasser dann nur auszuschütten. Diesen Vorgang am besten ein paar Mal wiederholen. Das Abdecken des metallenen Bodens mit einer Glasscheibe bewährt sich zusätzlich. Auch Zement- und Eternitplatten lösen im frischen Zustand Giftstoffe ab, sind aber nach dem Auswaschen ungefährlich.
Ebenso muss man sich vor Chlorgas hüten, die gerade bei Leitungswasser von den Stadtwerken manchmal beigemengt werden, um es von Keimen zu befreien. Allerdings kann Chlorgas schon etwa bei 0,2 mg pro Liter Wasser Vergiftungen bei Fischen hervorrufen. Neues Wasser sollte daher nicht direkt aus dem Hahn in das Aquarium gegeben, sondern erst einmal kühl abgestanden werden. Das löst das Chlorgas mit der Zeit auf, genauso wie eine starke Durchlüftung des Wassers.
Auch muss man auf Gase und Rauch aufpassen, die in dem Raum, in dem das Aquarium steht, abgelassen werden. Das betrifft vor allem Nikotin in Raucherhaushalten sowie Sprays, zum Beispiel zur Insektenbekämpfung. Schon kleine Mengen von solchen Gasen können über die Durchlüftungsanlage in das Wasser gelangen. Wer also das Rauchen nicht sein lassen kann, sollte den Durchlüftungsapparat tunlichst weit weg von der Rauch- bzw. Gasquelle platzieren.
