Ein Jahr nach den Ereignissen des ersten Tales of Xillia erkennt der neue Held Ludger Will Kresnik, dass sein Schicksal auf mysteriöse Weise mit dem kleinen Mädchen Elle Mel Marta verknüpft ist, welche nach dem Land von Canaan sucht. Als die Beiden unterwegs von einer mysteriösen Organisation angegriffen werden, entfesselt Ludger besondere Kräfte. Diese sind an eine geheimnisvolle Taschenuhr geknüpft, welche er Elle anvertraut hat.