Der Río San Juan entspringt am südöstlichen Ende des Nicaraguasees bei San Carlos und fließt, bis zu seiner Mündung, 199 Kilometer in östlicher Richtung durch tropischen Regenwald. Er mündet bei San Juan del Norte (früher: Greytown) ins karibische Meer. Von Bartola bis zur Mündung bildet das Flussufer die Grenze zwischen Nicaragua und Costa Rica, wobei der Fluss inzwischen auf seiner ganzen Länge zum nicaraguanischen Staatsgebiet gehört.Am Oberlauf, zwischen Nicaraguasee und El Castillo, ist der Fluss breit und fließt ruhig und kurvenreich durch ein relativ gut besiedeltes Gebiet mit zahlreichen Ansiedlungen und Weideland. Ab El Castillo gibt es Passagen, in denen Stromschnellen den Fluss zu einem reißenden Gewässer werden lassen. Die Ufer bestehen hier aus tropischem Regenwald und es gibt nur noch eine spärliche Besiedelung. Zwischen El Castillo und der Mündung fließt der Río San Juan durch das Naturschutzgebiet La Reserva Indio-Maíz. Im Fluss liegen zahlreiche längliche, von tropischer Vegetation bedeckte Inseln. Etwa 25 Kilometer vor der Mündung teilt sich der Fluss in mehrere Arme und bildet ein Delta mit zahlreichen Inseln und Lagunen.
Streitpunkt
Da seit einigen Jahren die Pläne zum Bau eines Nicaragua-Kanals wieder öffentlich und konkreter erwogen wurden, führen jetzt schon Eigentumsstreitigkeiten zwischen Costa Rica und Nicaragua zu einer hohen Rivalität zwischen den Einwohnern beider Länder. Immer häufiger werden Morde publik, die an Nicaraguanern begangen werden, die als (häufig illegale) Arbeiter in Costa Rica weilten.
Ein seit 200 Jahre schwelender Streit wegen der gemeinsamen Staatsgrenze entlang des Rio San Juan wurde im November 2010 neu entfacht, als Soldaten aus Nicaragua aufgrund eines Kartenfehlers bei Google Maps Staatsgebiet von Costa Rica besetzten und für sich beanspruchten. Bei dem Streit geht es um die Frage, wer den Grenzfluss San Juan wie nutzen darf, und wohin das Gewässer gehört. Es gab diverse Verträge, Abkommen und Erklärungen. Beendet aber wurde der Kampf nie.
