Die Paydirekt App bietet eine übersichtliche Darstellung der Paydirekt-Zahlungen, Benachrichtigungen über jede Zahlung, einer Möglichkeit mögliche Betrugsfälle zu melden und das signdirekt-App TAN-Verfahren zu nutzen. Nach Angaben der Entwickler erfolgt die Kommunikation der App ausschließlich über geprüfte Schnittstellen und gewährt eine sichere Datenübertragung nach den Standards der deutschen Banken zum Onlinebanking.
Auf das Onlinebanking-Konto kann per Paydirekt nicht zugegriffen werden. Die Speicherung der gesamten Daten erfolgt verschlüsselt. Es werden nur Bankverbindungen aus Deutschland unterstützt. Das Smartphone oder Tablet sollte für die Paydirekt App mindestens Google Android 4.1 Kitkat als Betriebssystem installiert haben. Der Start des Online-Zahlungsdienstleisters erfolgt zehn Jahre nach Paypal und bislang steht Paydirekt noch nicht bei allen Banken zur Verfügung. Zum Jahresende soll der Zahlungsdienstleister aktiv geschaltet werden.