Im Spiel schlüpfen wir in die Rolle eines von vier Geheimagenten, welche auf geheimer Mission sind und die außerirdische Energiequelle "Fuse" in ihre Gewalt bringen müssen. Zur Auswahl stehen dabei die Agenten: Dalton Brooks, Izzy Sinclair, Jacob Kimble oder Naya Deveraux, mit deren Hilfe man in Fuse die Welt vor einer nahenden Katastrophe bewahren muss.