Das Internationale Komitee des Roten Kreuzes (IKRK), die einzige humanitäre Organisation, die befugt ist, das Lager regelmäßig aufzusuchen, bezeichnete nach Berichten der New York Times bereits im Juli 2004 in einem vertraulichen Bericht an die US-Regierung die angewandten Verhörmethoden als Folter und kritisierte die Haftbedingungen scharf. Auch in wiederholten Medienberichten ist von Folter und unmenschlicher Behandlung die Rede.Die zuständigen US-Behörden bestritten die erhobenen Vorwürfe regelmäßig und verwiesen auf die Visiten von Vertretern des Roten Kreuzes. Das IKRK darf jedoch die Richtigkeit der Vorwürfe gegen die US-Behörden weder bestätigen noch dementieren, weil die Vertraulichkeit der Berichte Voraussetzung für die Durchführung der Visiten ist. In dem UN-Sonderbericht vom 15. Februar 2006 ist auch von Folter die Rede. Kritisiert werden der Einsatz von Hunden und die Zwangsernährung hungerstreikender Gefangener. Am 12. Juni 2008 entschied der Supreme Court, dass die Gefangenen auch Zugang zu US-Zivilgerichten haben müssen. Auch wenn das Lager auf Kuba liege, dürfe den Gefangenen nicht der ihnen gemäß der US-Verfassung zustehende Rechtsgrundsatz des sogenannten habeas corpus act verwehrt werden. Anfang 2004 bestätigte ein Bericht des Verteidigungsministeriums der Vereinigten Staaten die Foltervorwürfe.
Drohung von Vernehmungsbeamten gegenüber einem Häftling, seine Familie zu verfolgenVerkleben des Mundes eines Häftlings mit Klebeband wegen des Zitierens von KoranversenVerschmieren von Flüssigkeit im Gesicht eines Häftlings unter Angabe, es handle sich um MenstruationsblutAnketten von Häftlingen in fetaler PositionKoran-SchändungenSchlafentzugsensorische Deprivation
Darüber hinaus wurde die Praxis des so genannten Waterboardings als gängige Verhörmethode bezeichnet, bei der der Eindruck des Ertränkens erzeugt wird. Gefangene berichteten auch über andere Formen schwerer körperlicher und seelischer Misshandlung bis hin zur Abtrennung von Gliedmaßen. Im Januar 2009 wurde die Anwendung von Folter in Guantanamo erstmals von einer führenden Verantwortlichen der Regierung Bush, Susan J. Crawford, betraut mit der Überprüfung von Praktiken im Umgang mit Gefangenen, bestätigt. Im Einzelnen schilderte sie die Behandlung von Mohammed al-Qahtani:
der Gefangene habe 160 Tage lang nur Kontakt zu Personen gehabt, die ihn verhörtener wurde an 48 von 54 aufeinanderfolgenden Tagen 18 bis 20 Stunden lang verhörter wurde gezwungen, nackt vor einer Frau zu stehen, die zum Ermittlerteam gehörteer musste Beleidigungen über seine Mutter und seine Schwester erduldener wurde mit einem Militärhund bedrohter musste Büstenhalter anziehen, einen Stringtanga aufsetzen und wurde mit einem Lederband, das an seinen Ketten befestigt war, wie ein Hund durch den Raum geführt, wo er Kunststücke wie ein Hund aufführen musste,
In einem Bericht des spanischen Untersuchungsrichters an Spaniens Nationalem Gerichtshof Baltasar Garzón, der Ermittlungen aufgenommen hatte, um herauszufinden, wer in Guantánamo gefoltert und wer die Folterer zu ihren Taten angestiftet hat, werden weitere Details über das Bild der „unter der Autorität des amerikanischen Militärpersonals“ verübten Folter innerhalb und außerhalb des US-Sonderlagers Guantánamo genannt. Dazu gehören:
Schläge auf die Hodenunterirdische Haft in totaler Dunkelheit über einen Zeitraum von drei Wochen mit Nahrungs- und SchlafentzugBedrohung durch Injektionen von Zysten des HundebandwurmsBeschmieren von Gefangenen mit ExkrementenWaterboardingManchmal wurden die Folterungen in Anwesenheit medizinischer Fachleute durchgeführt. Kritisch diskutiert wurde zudem die Beratertätigkeiten des Psychologen Martin Seligman für die CIA: Seligmans Theorie der erlernten Hilflosigkeit wird als Grundlage für einige der in Guantanamo Bay angewandten Foltertechniken genannt.
Ein Gutachten der Seton Hall University School of Law aus dem Jahr 2010 geht ferner der Frage nach, ob die in Guantanamo Bay vollzogene, routinemäßige Behandlung von Insassen mit dem Malariamedikament Mefloquin die Rechte der Betroffenen verletzt hat. Das Medikament zeichnet sich durch ein vergleichsweise stark ausgeprägtes neuropsychiatrisches Nebenwirkungspotenzial aus. Gleichwohl erfolgte die Verabreichung des Wirkstoffes ohne Diagnose und Abwägung möglicher Kontraindikationen. In der Presse und der medizinischen Fachwelt wurde daher spekuliert, ob Nebenwirkungen im Sinne eines „pharmakologischen Waterboardings“ möglicherweise bewusst in Kauf genommen wurden. Präsident Barack Obama bezeichnete am 1. August 2014 die Praktiken erstmals als „Folter“ und „falsch“. Die USA müssten Verantwortung übernehmen, so Obama.
