Die Flixbus Fernbus App bietet eine Haltenstellesuche, Buchungsfunktion, Info-Katalog, FAQs und eine Busliniensuche. Die Busliniensuche findet die gesuchte Busverbindung, prüft die Verfügbarkeiten und Ticketpreise. Nachdem die richtige Linie gefunden wurde, kann der Nutzer auf Wunsch anschließend die Fahrkarte gleich online bestellen. Der QR-Code in der Buchungsbestätigung bietet die Möglichkeit das Ticket in der Ticketübersicht zu speichern. Das eingescannte Ticket kann beim Einstieg in den Bus dem Busfahrer gezeigt werden und spart das lästige Herumtragen einer Fahrkarte in Papierform.
Bisher zählt die Flixbus Fernbus App zwischen 500.000 und 1 Million Downloads. Die Anbieter Flixbus und MeinFernbus werden nach ihren Zusammenschluss über einen marktbeherrschenden Marktanteil von über 60 Prozent am deutschen Fernbusmarkt verfügen.