Nach mehr als zwanzigmonatigen, immer wieder unterbrochenen Verhandlungen verständigten sich die südsudanesischen Konfliktparteien - Regierung des Südsudans und die Kräfte der Sudanesischen Befreiungsbewegung/„Armee-in-Opposition“ und ihre Verbündeten - im August 2015 auf ein umfassendes Friedensabkommen. Trotz dieses Abkommens und der anschließend verkündeten Waffenruhe hielten die Kämpfe in einigen Landesteilen an, sie waren jedoch weniger intensiv als zuvor. Alle Konfliktparteien missachteten internationale Menschenrechtsnormen und das humanitäre Völkerrecht, doch wurde niemand für die völkerrechtlichen Verbrechen, die im Zusammenhang mit dem internen bewaffneten Konflikt begangen wurden, zur Rechenschaft gezogen. Nach wie vor waren ungefähr 1,6 Mio. Menschen innerhalb des Landes vertrieben, weitere etwa 600 000 Menschen flüchteten in Nachbarländer. Mindestens 4 Mio. Menschen waren von Nahrungsmittelknappheit bedroht. Die Regierung unternahm keine Schritte, um das Recht auf Gesundheit zu verwirklichen. Angehörige der Sicherheitsdienste unterdrückten unabhängige und kritische Stimmen aus der Opposition, den Medien und der Zivilgesellschaft. Sämtliche Beobachter sprechen von Menschenrechtsverletzungen, Massakern und Übergriffen aller Art.
Der Amnesty International-Bericht wurde der Öffentlichkeit am 27. Oktober 2015 vorgestellt. Er enthielt Beweise für systematische Menschenrechtsverletzungen und -verstöße sowie völkerrechtliche Verbrechen, die von beiden Seiten häufig mit äußerster Brutalität begangen worden waren. Die Kommission legte Beweise für außergerichtliche Hinrichtungen vor, denen Menschen u. a. aufgrund ihrer ethnischen Zugehörigkeit zum Opfer fielen. In den vor der AUCISS gemachten Zeugenaussagen wurde übereinstimmend angegeben, dass in den ersten drei Tagen des Konflikts, das heißt vom 15. bis 18. Dezember 2013, ungefähr 15 000 bis 20 000 Angehörige der Nuer getötet wurden. Der Bericht enthielt auch Beweise für Folter und Verstümmelung, Entführung, Verschwindenlassen und Plünderungen. Darüber hinaus sollen Menschen zu Kannibalismus und Selbstverbrennung gezwungen worden sein. Es wurden stichhaltige Beweise dafür vorgelegt, dass beide Seiten systematische sexuelle Gewalt anwendeten. Die AUCISS gelangte zu dem Schluss, dass Vergewaltigung mit hoher Wahrscheinlichkeit als Kriegswaffe eingesetzt wurde.
Die Kommission empfahl, diejenigen mit der größten Verantwortung für die begangenen Gräueltaten vor Gericht zu stellen. Außerdem solle den Bedürfnissen der Opfer Rechnung getragen werden, u. a. durch Wiedergutmachung. Die AUCISS forderte darüber hinaus die Schaffung eines speziellen afrikanischen Rechtsinstruments unter der Führung der AU und die Einrichtung weiterer Mechanismen für eine Übergangsjustiz in Anlehnung an die Bestimmungen des im August 2015 geschlossenen Friedensabkommens. Sie empfahl außerdem die Reform der Zivil-, Straf- und Militärgerichtsbarkeit. Damit werde ein Beitrag für die Sicherstellung der Rechenschaftspflicht geleistet.
Die Lage hat sich im Juli 2016 erneut zugespitzt, sodass von Kämpfen, Angriffen und Übergriffen ausgegangen werden muss. Die aktuelle Evakuierung von Deutschen und Ausländern wird von der Bundeswehr organisiert.
