Als ein Prequel zum ersten Drakengard entführt Drakengard 3 den Spieler in eine mittelalterliche Welt, in der sechs Schwestern, die „Sängerinnen“, über spezielle magische Fertigkeiten verfügen. Diese Schwestern brachten der Welt Frieden durch ihre Kraft, Magie durch Gesang zu manipulieren. Die Harmonie wird jedoch gestört, als die älteste Schwester, Zero, versucht, ihre jüngeren Schwestern mit Hilfe ihres Drachen Mikhail zu töten. Im Verlauf der Geschichte finden sich die Spieler in einem Kampf, um das Mysterium Zeros zu lüften und ihre wahren Absichten herauszufinden.