Deponia stellt den erfolglosen Erfinder Rufus, sowie seine Heimat, den Schrottplaneten Deponia, in den Mittelpunkt: Rufus ist kein angenehmer Charakter. Verschroben und übellaunig lebt er in einer kleinen Siedlung irgendwo im abgelegensten Quadranten der weltumspannenden Müllkippe Deponia. Doch Rufus fühlt sich zu Höherem berufen und träumt von einem Leben in den „oberen Schichten“, den schwebenden Städten hoch über der Planetenoberfläche. Als plötzlich die wunderschöne Goal aus eben diesen privilegierten Sphären in einen benachbarten Müllberg fällt, wittert Rufus seine Chance. Er beschließt, die bewusstlose Schönheit zurück in ihre Heimat zu bringen. Stellt dieses Vorhaben am Anfang nur eine vage Hoffnung dar, so festigt sich schon bald ein skrupelloser Plan: Rufus entpuppt sich nämlich als das exakte Ebenbild von Goals Verlobtem aus der Oberwelt. Die geplante Übergabe wird zum Startschuss für eine verwirrende Verfolgungsjagd voller verrückter Verwechslungen.