Nach den Ereignissen von Assassin’s Creed Unity führt Arnos Streben nach Freiheit ihn nach Saint-Denis, damals bekannt unter dem Namen Franciade. Dort wird er auf eine Mission geschickt, die ihn in die Untiefen der Stadt und damit in ein weit verzweigtes Netzwerk von Katakomben und dunklen Höhlen entführt – dorthin, wo die bestgehüteten Geheimnisse einstiger französischer Könige auf ihre Entdeckung warten. Um die dunklen Geheimnissen rund um die Basilika lüften zu können, nutzt Arno eine Laterne um die Dunkelheit zu erleuchten und erhält Zugriff auf die Guillotinenflinte, eine mächtige Waffe, die sich sowohl für Zerstörung über große Reichweiten als auch tödliche Gefechte auf engstem Raum eignet.
In Assassin’s Creed Unity Dead Kings treffen Spieler auf alte Bekannte wie etwa Napoleon und den Marquis de Sade sowie auf neue Feinde: Die Plünderer sind eine aggressive Geheimfraktion, welche die Katakomben von Saint-Denis aus mysteriösen Gründen bevölkert. Spieler können außerdem an Nebenmissionen inklusive neuer mysteriöser Mordfälle, Rätsel und kooperativen Mehrspielermissionen teilnehmen, in denen sie sich für einen Raubüberfall zusammentun oder eine spezielle Mission der Bruderschaft absolvieren.
Einzelspieler- und kooperative Missionen ermöglichen es Spielern, neue Waffen, Ausrüstungsgegenstände und Outfits freizuschalten. Die Inhalte lassen sich von Assassin’s Creed Unity zu Assassin’s Creed Unity Dead Kings und zurück übertragen.