Mit iOS 10.3 führt Apple das neue Dateisystem APFS (Apple File System) ein, das das bisherige HFS+ ablöst. APFS ist besonders für Flash-Speicher optimiert, wie man sie in aller Regel in Smartphones und Tablets findet.
Wegen der Umstellung des Dateisystems kann das Update unter Umständen etwas länger als gewöhnlich brauchen. Probleme durch den APFS-Umstieg wurden während der Betaphase nicht bekannt, sicherheitshalber sollten Nutzer aber vor der Installation von iOS 10.3 prüfen, ob sie ein aktuelles Backup haben und und gegebenenfalls eines erstellen.