In einem Aquarium ist es ganz natürlich, dass auch Algen, natürliche pflanzliche Organismen, die wahrscheinlich schon die Urmeere bewohnten, vorkommen. Allerdings gilt auch hier wie bei vielen Dingen, dass ein rechtes Maß eingehalten werden muss. Eine zu starke Veralgung des Aquariums ist oft kein schöner Anblick für Betrachter.
Man unterscheidet dabei zwischen verschiedenen Gattungen von Algen. Eine sehr auffällige Art sind die Fadenalgen wie Vaucheria oder Cladophora u.a., die für manche Fische eine Delikatesse darstellen. Sollten die Fische hingegen mit dem Wachstum der Algen nicht ganz mithalten können, ist eine simple mechanische Entfernung der Algen von Zeit zu Zeit ausreichend. Soll das Wachstum auf eher passive Weise gedämpft werden, kann man auch die Lichtverhältnisse im Aquarium durch das Bekleben der Glaswände mit grünem, durchscheinendem Papier dämpfen.
Dann gibt es noch Kieselalgen, auch Diatomeen genannt. Diese sehr kleinen Algen haben starre Zellwände, und zwar aufgrund der Einlagerung von Kieselsäure. Im Wasser schweben sie in der Regel, setzen sich in einem Aquarium aber vermehrt an den Scheiben ab. Das kann zu einer regelrechten Verschleierung des Aquariums führen, da diese Algen braune Farbstoffe in sich tragen, die dann eine regelrechte dunkelbraune Schicht bilden. Man kann diese Verunreinigung nur durch kratzsicherere Scheibenwicher beseitigen, eingesetzte Schnecken haben sich hingegen als unzuverlässig erwiesen.
Ein Phänomen, das man regelmäßig in heimischen Gewässern, zuweilen aber auch in großem Stil und für Satelliten sichtbar auf den Ozeanen vorfindet, ist die sogenannte Wasser- bzw. Algenblüte. Hierbei kommt es zu einer regelrechten Explosion des Bestandes einer bestimmten Algenart, hervorgerufen durch optimale Umweltbedingungen zu einem bestimmten Zeitpunkt. Kommen alle Faktoren zusammen, bildet sich dann oft ein grüner Algenteppich, der aber ebenso schnell wieder verschwinden kann. Zum Baden in solchen Gewässern ist abzuraten, und Aquarien dürfen solchen Algenvermehrungen nicht ausgesetzt werden.
Sollte doch einmal so eine Algenblüte in einem Aquarium stattfinden – was in so einem kleinen Gewässer recht unwahrscheinlich ist – so kann man anhand der Wasserfarbe ungefähr die Algenart bestimmen: Kieselalgen lassen das Wasser gelblich bis bräunlich erscheinen, zartgrüne Farbe schließt auf Grünalgen, und schmutziggrün bis giftgrün erscheinen Blaualgen. Wirksame Maßnahmen gegen Algenblüte sind lebende Daphnien (Krebstiere) sowie eine stärkere Filterung.
Eine eher unangenehm auftretende Algengattung ist die der Blaualgen (Cyanophyceae). Die Zellwände der Blaualgen sind oft gallertartig aufgequollen, und diese Gallertmasse verbindet die Algenzellen miteinander. Große Ansammlungen der Algen wirken daher wie eine einzige, lebendige Schleimmasse, weswegen sie oft auch als „Schmieralgen“ bezeichnet werden. In einem Aquarium können diese Schmieralgen vor allem den anderen Wasserpflanzen bedrohlich werden.
Bei Befall durch Schmieralgen wird dann meistens oft der gesamte Boden mitsamt den Steinen von einer grünen, schleimigen Masse überzogen, und als nächstes werden auch die Pflanzen überwuchert. Denen wiederum fehlt bald das Licht und auch die Nährstoffe gehen ihnen aus, wodurch sie absterben. Der Geruch der Blaualgen ist oftmals sehr unangenehm für Menschen, ein weiterer Grund, Blaualgen rechtzeitig zu entfernen. Einen Königsweg gibt es dabei nicht, es wird aber meistens empfohlen, einen Kupferschwamm bei der Entfernung der Algen zu verwenden, da Kupfer meist auf pflanzliche Organismen sehr vernichtend wirkt. Jedenfalls müssen die Algenbeläge mechanisch entfernt werden, die Filterung sollte immer einwandfrei sein.
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