1821 wurde Costa Rica unabhängig von der spanischen Herrschaft. Die Befreiung führte zum Kampf zwischen den alten Kolonialisten und den neuen Liberalen, welche aus dem folgenden Bürgerkrieg als Sieger empor gingen. Alle Versuche, die mittelamerikanischen Länder nach ihrer Unabhängigkeit zu einigen, scheiterten. Juan Mora Fernandez wurde erster Staatschef des unabhängigen Costa Rica. Kaum waren die inneren Unruhen beigelegt, drohte eine neue Gefahr - diesmal aus dem Norden. Im Zuge ihrer Expansion im 18. Jahrhundert trat die USA unter William Walker einen Eroberungsfeldzug nach Mittelamerika an. Doch in Costa Rica wurden die neuen Eroberer von einer 9000 Mann starken Freiwilligenarmee zurückgedrängt. Die Schlacht wurde zum nationalen Mythos in Costa Rica. Der Trommler Juan Santamaría wurde zum Nationalhelden, als er Walkers Verteidigungsstellung in Brand setzte.
Nach der Unabhängigkeit von Spanien am 15.September 1821 ermöglichten vereinzelte abbauwürdige Gold- und Silberfunde die Bildung eines spezialisierten einheimischen Bergbau-Unternehmens, das für kurze Zeit (1823-25) durch britische Investitionen gestützt wurde, bevor die Wirtschaftskrise im Anschluss an die napoleonischen Kriege Englands Kapitalexporte bis 1841 unterband. Die Bergbau-"Elite" wurde zum Schlüsselwort der weiteren Entwicklung.
Nachdem die Einführung des Kaffeeanbaus 1808 zunächst ohne Auswirkungen auf den Außenhandel geblieben war. setzte die Kapitalverlagerung aus dem Bergbau ab 1832 eine auch politische geförderte Kaffee-Expansion in Gang, die jedoch nur begrenzt die Züge der klassischen Entwicklung kapitalintensiver, abhängiger Exportlandwirtschaften trug. Die bestehende Besitzstruktur blieb weitgehend intakt. Erst später entstand mit der Vergabe der Konzession für die Atlantik-Eisenbahn an den US-Amerikaner Minor Keith und der anschließenden Entwicklung des Plantagenanbaus von Bananen um 1878 der Kern einer außenorientierten Wirtschaftsenklave. Von nun an konnte der Kaffee des Hochlandes an den Atlantikhafen in Puerto Limón gelangen. Trotz der zunehmenden fiskalischen Bedeutung der Bananenexportgesellschaften ist jedoch die Kaffeezone im Hochplateau der Schwerpunkt der nationalen Wirtschaft geblieben.